在平潭綜合實驗區(qū)注冊設(shè)立，并依法在我區(qū)納稅、納統(tǒng)的總部機(jī)構(gòu)及分支機(jī)構(gòu)，年度繳納入庫稅收總額達(dá)到2000萬元以上，在我區(qū)具有實際辦公場所或工位，配備1名以上常駐工作人員，可申請認(rèn)定為注冊型總部企業(yè)。
年度繳納入庫稅收總額達(dá)到1000萬元以上（屬中介服務(wù)、研發(fā)機(jī)構(gòu)、軟件、動漫創(chuàng)意、保險等企業(yè)，年度繳納入庫稅收總額達(dá)500萬元以上），在我區(qū)設(shè)立運營中心（含結(jié)算、財務(wù)業(yè)務(wù)等）、研發(fā)中心等一項以上總部職能或在我區(qū)設(shè)立區(qū)域中心，且具有實際辦公場所，常駐辦公人員在10人及以上(在我區(qū)繳納社保）的企業(yè)，可申請認(rèn)定為實體型總部企業(yè)。
年度繳納入庫稅收總額不低于500萬元，運用互聯(lián)網(wǎng)、大數(shù)據(jù)等技術(shù)獨立運營網(wǎng)絡(luò)交易平臺，有公開信息顯示平臺，平臺商戶數(shù)量不低于100家，且通過平臺運營取得的營業(yè)收入占企業(yè)營業(yè)總收入50%以上（或撮合交易額在1億元及以上），有實際辦公場所，常駐辦公人員在10人及以上(在我區(qū)繳納社保）的企業(yè)，可申請認(rèn)定為平臺型總部企業(yè)。
屬世界500強(qiáng)企業(yè)、中國500強(qiáng)企業(yè)、中央直管企業(yè)、中國民營企業(yè)100強(qiáng)以及臺灣“100大”企業(yè)、上市公司的企業(yè)“在嵐全資子公司或直接控股的企業(yè)”可直接認(rèn)定為注冊型總部企業(yè)；具有實際辦公場所，常駐辦公人員在10人及以上(在我區(qū)繳納社保）的企業(yè)，可申請認(rèn)定為實體型總部企業(yè)。
注冊型總部企業(yè)可享受以下優(yōu)惠政策：
（一）經(jīng)營貢獻(xiàn)獎勵。自納稅年度起五年內(nèi)，按其年度繳納入庫稅收總額的地方級財政分成部分的70%-90%予以獎勵。其中，股權(quán)投資類總部企業(yè)享受五年地方級分成部分的95%獎勵，新注冊股權(quán)投資類總部企業(yè)應(yīng)取得基金業(yè)協(xié)會備案或取得區(qū)金融辦備案。
（二）個稅獎勵。年度繳納個人所得稅總額3萬元及以上的總部企業(yè)股東、高管及員工，以個人繳納稅收完稅憑證為準(zhǔn)，五年內(nèi)按每年繳納個人所得稅地方級分成部分70-90%予以獎勵。
（三）對總部企業(yè)在我區(qū)新設(shè)、改制的多個子公司及關(guān)聯(lián)企業(yè),可以將多個子公司及關(guān)聯(lián)企業(yè)在我區(qū)繳納的稅收總額合并計算。合并后的稅收總額達(dá)到總部經(jīng)濟(jì)認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)的,各子公司及關(guān)聯(lián)企業(yè)均可享受總部企業(yè)相關(guān)政策。
（四）由區(qū)屬國企為總部企業(yè)健全公共服務(wù)配套如商務(wù)、財務(wù)、法律、路演、會議等。
實體型總部企業(yè)除可享受注冊型總部企業(yè)的所列優(yōu)惠政策外，另可享受以下優(yōu)惠政策：
（一）常駐人員生活補(bǔ)助。根據(jù)企業(yè)在總部園區(qū)（金井商務(wù)營運中心、新興產(chǎn)業(yè)園區(qū)，下同）內(nèi)常駐人員（本科以上學(xué)歷、辦公時間180天以上、在我實驗區(qū)繳納社保）辦公人數(shù)，按每人每年2萬元標(biāo)準(zhǔn)予以補(bǔ)助，補(bǔ)助時限為5年，每家企業(yè)每年最高不超過50萬元。
（二）辦公用房支持。總部企業(yè)經(jīng)管委會批準(zhǔn)，可按成本價購買金井灣商務(wù)營運中心園區(qū)內(nèi)由我區(qū)統(tǒng)一承建的寫字樓、標(biāo)準(zhǔn)廠房；租用金井灣商務(wù)營運中心園區(qū)內(nèi)的寫字樓層作為辦公場所的，常駐辦公人員人均10平方米范圍內(nèi)予以五年內(nèi)免租金。在享受獎勵、優(yōu)惠期間，不得改變場所用途、轉(zhuǎn)讓或轉(zhuǎn)租，確需改變場所用途、轉(zhuǎn)讓或轉(zhuǎn)租的，應(yīng)提請區(qū)管委會同意后進(jìn)行。
（三）戶籍和教育支持。對總部企業(yè)人員意愿將戶口遷入平潭的予以支持；戶籍在外地的常駐員工，子女需在我區(qū)義務(wù)教育階段就學(xué)的，可統(tǒng)籌安排到相應(yīng)學(xué)校。企業(yè)高管子女義務(wù)教育階段可自主擇校。
（四）人才支持。符合《平潭綜合實驗區(qū)關(guān)于加強(qiáng)中高層次人才引進(jìn)工作的暫行辦法》《平潭綜合實驗區(qū)加快重點產(chǎn)業(yè)人才引進(jìn)和培育的若干支持措施（試行）》《平潭綜合實驗區(qū)關(guān)于引進(jìn)高層次創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)團(tuán)隊的支持辦法（試行）》（閩嵐綜實管綜〔2019〕97號）文件規(guī)定的總部企業(yè)人才，可按規(guī)定認(rèn)定為實驗區(qū)中高層次引進(jìn)人才，享受相應(yīng)待遇。
（五）投資產(chǎn)業(yè)實體項目補(bǔ)助。企業(yè)年度新增的固定資產(chǎn)投資，按照國家統(tǒng)計局統(tǒng)計數(shù)據(jù)聯(lián)網(wǎng)直報平臺認(rèn)定數(shù)的千分之三予以補(bǔ)助，補(bǔ)助金額累計不超過500萬元。