1.企業(yè)根據(jù)《認(rèn)定辦法》第十一條進(jìn)行自我評(píng)價(jià)，自評(píng)符合認(rèn)定條件的，可提出認(rèn)定申請(qǐng)。
2.申請(qǐng)企業(yè)可登錄國(guó)家“高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)” 進(jìn)行注冊(cè)登記，并提交申請(qǐng)材料。
3.2019年起，省認(rèn)定機(jī)構(gòu)不再公布參與福建省高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)工作的中介機(jī)構(gòu)名單，企業(yè)自行選擇具有資質(zhì)并符合《工作指引》相關(guān)條件的中介機(jī)構(gòu)進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)或鑒證。企業(yè)提交申請(qǐng)材料時(shí)須附上中介機(jī)構(gòu)出具的《中介機(jī)構(gòu)承諾書》。三年內(nèi)不能參與我省高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)鑒證工作資格的中介機(jī)構(gòu)名單可以在省認(rèn)定機(jī)構(gòu)各門戶網(wǎng)站和高企工作網(wǎng)上查看相關(guān)取消資格的文件。
4.企業(yè)按《工作指引》第二點(diǎn)第三條要求準(zhǔn)備申報(bào)材料。
申報(bào)企業(yè)要對(duì)申請(qǐng)材料的真實(shí)性負(fù)責(zé)，若存在弄虛作假行為，一經(jīng)發(fā)現(xiàn)并查實(shí)，將按照《認(rèn)定辦法》的相關(guān)規(guī)定取消資格，并追繳其自發(fā)生上述行為之日所屬年度起已享受的高新技術(shù)企業(yè)稅收優(yōu)惠。
5.企業(yè)必須在申報(bào)認(rèn)定截止前，完成申請(qǐng)材料填寫和打印，并將網(wǎng)絡(luò)打印的紙質(zhì)申報(bào)材料一式二份、紙質(zhì)申報(bào)材料掃描的光盤一式三份上報(bào)所在地設(shè)區(qū)市科技局，完成紙質(zhì)材料報(bào)送后在規(guī)定時(shí)間內(nèi)提交網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)。
企業(yè)應(yīng)利用不超過15M的網(wǎng)絡(luò)附件，重點(diǎn)上傳營(yíng)業(yè)執(zhí)照等相關(guān)注冊(cè)登記證件的復(fù)印件、財(cái)務(wù)審計(jì)報(bào)告、專項(xiàng)審計(jì)或鑒證報(bào)告、企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表（主表）、知識(shí)產(chǎn)權(quán)證書、成果轉(zhuǎn)化能力證明材料、企業(yè)創(chuàng)新性證明材料、企業(yè)職工和科技人員情況說明材料等主要證明文件。

6. 設(shè)區(qū)市科技局對(duì)企業(yè)申報(bào)材料的完整性進(jìn)行核對(duì)后匯總，于5月31日、8月10日前將認(rèn)定申報(bào)匯總清單加蓋市科技局公章后上報(bào)省科技廳，同時(shí)抄送一份至所在地同級(jí)財(cái)政、稅務(wù)部門。設(shè)區(qū)市科技局另需填寫《企業(yè)研發(fā)項(xiàng)目經(jīng)費(fèi)和高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入表》紙質(zhì)材料1份及電子版上報(bào)省科技廳。